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francisco garrido ojeda
Autor: francisco garrido ojeda
05/09/2018 10:24:06
(1 vistas, 8 respuestas)
SECUENCIACION GENOMA CORZO

Hola amigos ,  



este verano en la publicacion de la Smithsonian , venian proyectos de secuenciacion de ungulados norteamericanos , a los que estais mas en la punta de lanza del Corzo , se tiene una secuenciacion completa del genoma del corzo ? 


yo por mi parte estaria dispuesto a hacer un proyecto y juntar dinero para tener un mapa genico de nuestro corzo , seria una pedazo herramienta , para conocer mejor a nuestro querido capreolus , conocer su hardware y procesarlo con la bioinformatica nos acerca mas a su naturaleza



fran garrido 


valencia  

Gerardo Pajares Bernaldo de Quiros
Autor: Gerardo Pajares Bernaldo de Quiros
06/09/2018 13:47:28
(0 vistas, 8 respuestas)
SECUENCIACION GENOMA CORZO

Sin duda el tener más y mejor conocimiento es algo a lo que debemos aspirar. La secuenciación del genoma de los animales y plantas es una heramienta de trabajo en situaciones de riesgo de conservación, de mejora de las producciones animales o con fines de mejora de la salud de las poblaciones y/o individuos. El conocer la secuencia completa de nucleótidos del ADN de un ser vivo permite identificar las regiones que diferencian bien a las especies o subespecies y que han permitido alguna ventaja adaptativa. En los ungulados de América tiene una justificación muy clara ya que se trata de un continente en el que los ungulados han tenido una importante divergencia genética en espacios de tiempo y distancia muy sorprendentes. Su secuenciación puede ayudar a entender los mecanismos de especiación y permitir mejorar las políticas de conservación.

En el caso de corzo, hasta donde yo sé, no hay hasta ahora chips de secuenciación disponible. Sí los hay para el venado, especialmente por ser un animal sometido a explotación ganadera.

¿Tendría interés la secuenciación del Capreolus capreolus? Sin duda sí, pero debería hacerse en el marco de un proyecto europeo en el que se incluyesen ejemplares del norte, este y sur de Europa para estudiar las zonas heterólogas del ADN y ver si en ellas existe explicación de alguna ventaja adaptativa o tendencia a la divergencia genética.

Los costes de estos trabajos se han reducido en los últimos años. He traslado a un grupo experto la petición de una estimación del coste y lo compartiré cuando lo tenga.

Saludos,

Gerardo Pajares

francisco garrido ojeda
Autor: francisco garrido ojeda
06/09/2018 16:48:49
(0 vistas, 8 respuestas)
SECUENCIACION GENOMA CORZO

Hola , buenas tardes :

El conocimiento lo es todo ,el preciso y conciso  conceptualmente ademas es bello , tampoco haria falta secuenciar todo , podriamos preguntar solo sobre lo que mejor se conserve en cuanto a mutaciones generacionales , tipo secuenciar mtDNA solo , que seran sustancialmente menos kb de adn , y por tanto menos costoso , al ser solo de linea de hembras se podria ver , si lo que parece que interese sea la filogenia y la divergencia con reloj molecular, el grado de cambio geno feno  corcero entre diferentes latitudes , buscar herramientas moleculares para diferenciar corzos semicriados con los salvajes ,etc etc etc, aun asi se puede preguntar a los de Sevilla como lo han hecho con Cervus , por ver un poco el protocolo en ungulados , lo veo fundamental y para saber la expresion de proteinas inmunologicas y los target genicos de Cephenemia tb , por curiosidad vosotros que habeis trabajado con este ungulado , cuantos cromosomas tiene ? se sabe verdad?

muchas gracias por tu respuesta , muy amable como siempre 

fran garrido 

Gerardo Pajares Bernaldo de Quiros
Autor: Gerardo Pajares Bernaldo de Quiros
07/09/2018 10:00:47
(0 vistas, 8 respuestas)
SECUENCIACION GENOMA CORZO

En el corzo se ha trabajado ya ampliamente en el conocimiento de la filogeografía y distribución de haplotipos en Europa y Asia. Existen marcadores tanto para ADN mitocondrial como de ADN somático para corzo y se pueden encontrar en GenBank. En estos momentos hay bastantes publicaciones sobre este tema tanto en España, Italia, Centroeuropa, Rusia o China, de modo que ahí no hay nada que gastar por ahora.

La secuenciación del genoma tiene poco que ver con lo anterior, aunque utilice similares herramientas y equipamientos. Si la finalidad del estudio de los marcadores mitocondriales o somáticos es conocer el nivel de divergencia molecular entre poblaciones o individuos -hay que recordar que para ello se emplean regiones no codificantes o neutras- en la secuenciación lo que se busca es especialmente localizar las regiones que codifican proteínas y que explican las adaptaciones a las diferentes presiones selectivas. Se trata por lo tanto de algo completamente distinto y que exige un planteamiento previo para no gastar dinero en salvas.

Consultado el coste de la secuenciación ex. novo de un mamífero superior me han comentado que en función de la tecnología puede oscilar entre 10 mil y 25 mil euros por individuo.

En mi opinión, de plantearse algo así habría que enmarcarlo en un proyecto trasnacional.

Saludos,

Gerardo Pajares

Gerardo Pajares Bernaldo de Quiros
Autor: Gerardo Pajares Bernaldo de Quiros
07/09/2018 10:15:52
(0 vistas, 8 respuestas)
SECUENCIACION GENOMA CORZO

Se me olvidó indicarte que el número de cromosomas del corzo es (2n)=70

Saludos,

Gerardo Pajares

francisco garrido ojeda
Autor: francisco garrido ojeda
07/09/2018 18:40:22
(0 vistas, 8 respuestas)
SECUENCIACION GENOMA CORZO

Hola , buenas tardes y gracias de antemano 

no solo se buscan exones , los intrones no codificantes , lines , sines ,. trasposones etc etc tambien son utiles cuando secuencias un genoma , desde luego exones con traduccion proteica lo mas indicativo pero no lo es todo , la mayoria no es codificante   , bueno pues mirare en GenBank a ver que hay , no sabia que ya se trabajaba con mt dna en corzo , interesante...

gracias por preguntarlo ya lo sabemos y disculpa las molestias de la gestion , tiene cromosomas el bicho , otro debate seria la complejidad de un animal y su numero de cromosomas y genes codificantes , nosotros 23 pares y ya ves como nos escribimos con el ordenador.

Gracias 

un saludo

fran garrido